Primera parte

Naruto estuvo enamorado de sakura por unos años pero despues en la serie ni se noto en la serie

Como el protagonista de la serie, Naruto aparece en cada temporada y por lo general desempeña un papel destacado en cada una de éstas. Durante la primera parte Naruto acompaña al resto del Equipo 7 mientras realizan sus misiones iniciales.Con el tiempo, el personaje va mejorando sus habilidades ninja y persiguiendo sus propias metas. Más tarde, tras una invasión en la Aldea Oculta de Konoha por parte de dosninjas renegados, Itachi Uchiha y Kisame Hoshigaki, Naruto descubre a Akatsuki, una organización criminal que trata de extraer al Kyūbi de su cuerpo. Si bien Jiraiya impide esto, no es sino hasta la segunda parte que ocurren realmente conflictos entre el jinchūriki y Akatsuki.Cuando Sasuke intenta dejar Konoha e ir en búsqueda del escondite de Orochimaru para ganar más fuerzas, Naruto enfatiza su papel en la historia y, en un esfuerzo por detenerlo, comienzan una batalla donde Sasuke intenta matar a su amigo, aunque al final afirma que no es capaz de hacer tal cosa.Posteriormente, ambos continúan por caminos diferentes; sin embargo, Naruto no se rinde en tratar de traer a Sasuke de vuelta, por lo que deja Konoha para ir a entrenar junto con Jiraiya y así estar preparado para la próxima vez que se encuentre con él.

Segunda parte

Dos años y medio después, el protagonista regresa a Konoha, mientras que Akatsuki comienza a volverse más activo, llegando a secuestrar a Gaara, quien portaba al Ichibi (一尾守鶴 Shukaku^?). Al enterarse de esto, Naruto acude a su rescate junto con otros ninjas de su aldea.En la misión, Sakura, con ayuda de Chiyo, tiene una batalla con un miembro de Akatsuki llamado Sasori, quien además resultaba ser el nieto de Chiyo. No obstante, luego de una ardua lucha las kunoichis logran salir victoriosas.Como resultado de su triunfo, Sasori le revela que tiene un espía vigilando a Orochimaru, y que se reuniría con éste en el Puente del Cielo, un detalle que podría facilitarles la ubicación de Sasuke.Naruto, Sakura y los nuevos miembros del Equipo 7, Yamato y Sai, utilizan esta pista para encontrar a Sasuke, pero una vez más son incapaces de impedir que éste escape.Sintiéndose decepcionados por no haber logrado su objetivo, el Equipo 7 intenta de nuevo encontrar a Sasuke, y aunque casi lo capturan, pierden su rastro y se ven obligados a regresar a casa.

Posteriormente, en la lucha de Jiraiya contra Pain, el sannin muere; previo a ello, este último deja un código que mostraba cómo se podía derrotar a Pain en la espalda del viejo sapo Fukasaku.Una vez que el código llega a la aldea, Naruto, Shikamaru y Kakashi logran descubrir su significado casi por completo. Luego, Fukasaku le ofrece a Naruto llevárselo al Monte Myobokuzan para entrenarlo y enseñarle las técnicas del ermitaño, con las cuales podría vengar al sannin, así que éste acepta.Cuando Pain y Konan invaden la Aldea Oculta de Konoha,Pain se encuentra con Tsunade y éste usa una poderosa técnica llamada «Shinra Tensei», la cual destruye casi toda Konoha a través de una gran explosión. Más tarde, Naruto regresa a Konoha y libra una batalla con el Akatsuki.Una vez que el joven logra vencerlo,Danzō es nombrado como el nuevo Hokage, puesto que Tsunade se encontraba inconsciente tras el suceso. En ese mismo momento, el Raikage envía una carta al nuevo Hokage, quien acepta la petición de colocar a Sasuke en el Libro Bingo, en el cual se encuentran escritos los nombres de los criminales más peligrosos. Debido a esto, Naruto decide ir a hablar con el Raikage junto con Kakashi y Yamato para que recapacite sobre dicha decisión. Al no tener éxito hablando con el Raikage, Naruto decide ir a buscar a Sasuke, quien se encontraba cerca del lugar, y al encontrarlo tienen un breve enfrentamiento, pero después ambos equipos regresan a sus respectivas aldeas.